海關博物館位於今天財政部關稅總局內,依海關徵收關稅與查緝走私等重要功能,設有:通關作業、查緝走私、海務燈塔、國際關務交流、海關文物等五個展示區和視聽室。
在財政部關稅總局的辦公室共有二層樓,一樓是通關作業區(展示進出口貨物)、查緝走私區(展示海關沒收的物品)、海務燈塔區(展示多年歷史的霧鐘與戊炮);至於二樓則為國際關務交流區,展示美國、日本、香港、韓國、南非等地相關文物。